Nama asli beliau tidak diketahui. Ia lahir di kota Valeria, Italia, sekitar tahun 550 M dan adalah anak seorang dokter ternama bernama Giovanni. Sejak masa paus Gregorius I (atau Gregorius Agung, paus ke-64, masa kepausan 590-604M), ia telah ditahbiskan menjadi Diakon Agung kota Roma dan bertugas sebagai pengelola administrasi tahta suci. Pada tanggal 25 Agustus 608,  ia terpilih menggantikan paus Bonifasius III, (Paus ke-66, masa kepausan sejak Februari 607 - November 607), yang wafat setelah memimpin gereja selama 9 bulan.

Selama masa ke-Pausannya, Bonifasius IV berhasil memperoleh izin dari Kaisar Phocas (Flavius Phocas Augustus Kaisar Romawi Timur 602-610M) untuk merombak Pantheon menjadi Gereja.

^{Chiesa di Santa Maria Martyres (Pantheon)}

Pantheon menjadi kuil kafir pertama di Roma yang di rombak dan dikuduskan menjadi Gereja. Gereja ini diberi nama : Chiesa di Santa Maria Martyres dan dipersembahkan kepada bunda Maria dan para martir kudus. Untuk itu Paus Bonifasius IV memindahkan banyak relikwi para kudus dari katakombe-katakombe disekitar Roma dan menempatkan di bawah altar gereja tersebut. Perombakan Pantheon mengawali transformasi seluruh kuil kafir di kota Roma yang secara bertahap disucikan dan dialih-fungsikan menjadi Gereja.

Paus Bonifasius IV dikenang sebagai seorang Paus yang tegas namun murah hati. Ia bahkan menyerahkan rumah keluarganya kepada Gereja dan merubahnya menjadi sebuah biara. Ditempat inilah beliau wafat pada 8 Mei 615 dalam usia 65 tahun.