Santo Paulus Miki terlahir dalam keluarga bangsawan militer Jepang yang sudah menjadi Kristen. Ayahnya adalah  pemimpin militer Miki Handayu. Paulus Miki  merasakan panggilan untuk hidup religius dari masa mudanya. Karena itu ia masuk Jesuit pada tahun 1580, dan dididik menjadi katekis di kolese Jesuit di Azuchi dan Takatsuki. Paulus Miki kemudian menjadi seorang penginjil dan pengkotbah yang luar biasa.

Pada tahun 1597 seorang penguasa Jepang yang amat berpengaruh, Hideyoshi, mendengar hasutan seorang pedagang Spanyol. Pedagang itu membisikkan bahwa para misionaris adalah pengkhianat bangsa Jepang. Ia menambahkan bahwa para pengkhianat itu akan mengakibatkan Jepang dikuasai oleh Spanyol dan Portugis. Hasutan itu tidak benar dan tidak masuk akal. Tetapi, Hideyoshi menanggapinya dengan berlebihan, sehingga Ia menangkap duapuluh enam orang yang dianggapnya  sebagai para pengkhianat. Mereka yang ditangkap terdiri dari enam orang biarawan Fransiskan dari Spanyol, Meksiko dan India; tiga orang katekis Yesuit Jepang, termasuk St. Paulus Miki; dan tujuh belas Katolik awam Jepang, termasuk anak-anak.

Pada tanggal 5 Februari 1597 Keduapuluh enam orang itu kemudian dibawa ke tempat pelaksanaan hukuman mati di luar kota Nagasaki. Dengan diikat, mereka disuruh berjalan dengan berbaris sehingga mereka menjadi tontonan dan menjadi pelajaran bagi masyarakat yang menyaksikannya. Sepanjang perjalanan, para saksi-saksi Kristus ini terus melagukan Te Deum. 

Mereka diikatkan pada salib masing-masing dengan rantai dan tali dan belenggu besi dipasang disekeliling leher mereka. Masing-masing salib kemudian dikerek dan kaki salib ditancapkan ke sebuah lubang yang telah digali. Tombak ditikamkan kepada masing-masing korban. Mereka wafat pada saat yang hampir bersamaan. Dari atas salib Santo Paulus Miki terus berkotbah dengan gagah berani untuk memberi semangat bagi umat kristiani untuk tetap setia pada iman mereka. Ia baru diam setelah sebuah tombak menembus dadanya. Pakaian-pakaian mereka yang ternoda oleh darah disimpan sebagai reliqui yang berharga oleh komunitas Kristiani Jepang.

St. Paulus Miki dan kawan-kawannya para Martir Nagasaki dinyatakan kudus pada tahun 1862 oleh Paus PIUS IX.