St.Yohanes dilahirkan di Portugal pada tanggal 8 Maret 1495. Orangtuanya miskin, tetapi mereka adalah orang Kristen yang taat. Yohanes seorang pemuda yang tidak bisa tenang. Sebentar ia menjadi seorang gembala, sebentar menjadi tentara, dan kemudian menjadi penjaga toko. Ketika dewasa, ia bukanlah seorang yang religius. Ia dan teman-temannya tidak menyadari kehadiran Tuhan.

"Jika kita rindu untuk menerima belas kasihan Tuhan, pastilah kita akan melakukan kebajikan selama kita memiliki kemampuan untuk melakukannya. Sebab, jika kita berbagi dengan mereka yang miskin, oleh karena kasih kita kepada Tuhan, apa pun yang Ia berikan kepada kita, kita akan menerimanya, sesuai dengan janji-Nya, seratus kali lipat dalam kebahagiaan abadi.” ~St.Yohanes da Deo 

Ketika usianya empatpuluh tahun, Yohanes mulai merasa hampa. Ia merasa sedih akan hidupnya yang telah ia sia-siakan. Di gereja, ia mendengarkan suatu khotbah yang disampaikan oleh seorang misionaris yang kudus, Yohanes dari Avila. Misionaris tersebut memberikan pengaruh yang kuat kepadanya. Yohanes mulai menangis meraung-raung. Hari-hari selanjutnya, St. Yohanes dari Avila membantu Yohanes untuk memulai hidupnya kembali dengan harapan dan keberanian.

Yohanes mengubah hidupnya secara drastis. Ia berdoa serta melakukan mati raga setiap hari. Dikatakan bahwa seorang uskup memberinya nama da Deo (= dari Tuhan) karena ia secara total mengubah hidupnya yang dahulu hanya mementingkan diri sendiri dan kini sepenuhnya menjadi manusia baru yang “dari Tuhan”. Perlahan-lahan Yohanes da Deo menyadari betapa hidup rakyat penuh dengan kemiskinan serta penderitaan. Ia mulai mempergunakan waktunya untuk merawat mereka yang sakit di rumah-rumah sakit dan di tempat-tempat penampungan. Kemudian ia menjadi sadar akan betapa banyaknya orang-orang yang terlalu miskin untuk dapat memperoleh perawatan di rumah sakit. Siapakah yang mau merawat mereka? Yohanes bertekad, demi cintanya kepada Tuhan, ia mau melakukannya.

Ketika usianya empatpuluh lima tahun, Yohanes mendapatkan sebuah rumah untuk merawat para fakir miskin yang sakit. Rumah itu kemudian menjadi sebuah rumah sakit kecil di mana setiap orang yang membutuhkan pertolongan akan diterima dengan baik. Orang-orang yang datang untuk membantu Yohanes mulai membentuk suatu ordo religius untuk mengabdikan diri bagi mereka yang miskin. Ordo mereka disebut Para Broeder St. Yohanes da Deo.

Suatu ketika, seorang bangsawan menyamar sebagai seorang pengemis. Ia mengetuk pintu Yohanes untuk meminta-minta. Yohanes dengan suka hati memberikan semua yang ia miliki, yang jumlahnya hanya beberapa dolar saja. Bangsawan tersebut tidak membuka rahasianya saat itu, melainkan segera pergi dengan kesan mendalam. Keesokan harinya, seorang pesuruh tiba di depan pintu Yohanes dengan sepucuk surat penjelasan beserta uang dermanya yang dikembalikan. Di samping itu, sang bangsawan menyertakan 150 keping uang emas. Ia juga mengirimkan roti, daging serta telur yang dikirimkan setiap pagi ke rumah sakit cukup untuk memberi makan segenap pasien dan para pekerja rumah sakit.

Setelah sepuluh tahun bekerja keras bagi rumah sakitnya, St. Yohanes sendiri akhirnya jatuh sakit. Ia wafat pada hari ulang tahunnya pada tahun 1550. Yohanes da Deo dinyatakan kudus oleh Beato Paus Inosensius XI pada tahun 1690.