Konon, ketika masih kecil ia menderita sakit gawat. Ibunya menggendong bocah ini dan membawanya kehadapan St.Fransiskus Asisi. Beliau memberkati anak tersebut dan berseru : "O Buona Ventura..." (Betapa baiknya kejadian ini..). Bocah itu seketika sembuh dan kata-kata Santo Fransiskus kemudian diabadikan menjadi namanya. Mungkin saja saat itu sang pengemis suci sudah mengetahui bahwa bocah yang diberkatinya ini adalah permata gereja di kemudian hari;  salah seorang pujangga terbesar dalam sejarah Gereja.

Bonaventura dilahirkan pada tahun 1221 di Tuscany, Italia dengan nama Giovanni di Fidanza.  Sejak usia muda ia bergabung dengan Ordonya St.Fransiskus Asisi  yaitu Fransiskan (O.F.M. = Ordo Fratrum Minorum / Ordo Friars Minor = Ordo Saudara-saudara Hina-dina). Sebagai seorang biarawan muda, Bonaventura harus meninggalkan negerinya untuk belajar di Universitas Paris di Perancis. Ia menjadi seorang penulis tentang hal-hal ketuhanan yang hebat. Kasihnya kepada Tuhan demikian besar sehingga orang memanggilnya dengan sebutan “Doctor Seraphicus”. Seraphicus artinya seperti malaikat.

Salah seorang sahabat Bonaventura yang terkenal ialah seorang biarawan Dominikan St. Thomas Aquinas. Thomas bertanya kepada Bonaventura dari manakah ia mendapatkan semua hal-hal mengagumkan yang ia tulis. Bonaventura membimbing temannya itu ke meja tulisnya. Ia menunjuk sebuah salib besar yang selalu ada di atas mejanya. “Dialah yang mengatakan segalanya kepadaku. Dia-lah satu-satunya Guru-ku.” Di lain waktu, ketika sedang menuliskan kisah hidup St. Fransiskus dari Asisi, Bonaventura menjadi begitu bersemangat sehingga St. Thomas berseru: “Mari kita biarkan seorang kudus menulis tentang seorang kudus.” Bonaventura selalu bersikap rendah hati, meskipun buku-bukunya telah menjadikannya sangat terkenal.

“Jika kamu bertanya bagaimana hal-hal semacam itu dapat terjadi, carilah jawabnya dengan rahmat Tuhan, bukan dengan ajaran; dengan kerinduan hati, bukan dengan pengetahuan, dengan keluh-kesah doa, bukan dengan penyelidikan.” ~ St. Bonaventura

Pada tahun 1265, Paus Klemens IV ingin mengangkatnya menjadi seorang Uskup Agung. Tetapi, Bonaventura kemudian memohon kepada Paus agar menunjuk orang lain; karena ia masih ingin hidup dalam biara.  Bapa Suci menghormati keputusannya. Meskipun menolak diangkat menjadi Uskup Agung, Bonaventura setuju diangkat menjadi pembesar umum Ordo Fransiskan. Tugas berat ini dilaksanakannya selama tujuhbelas tahun.

Pada tahun 1273, Beato Paus Gregorius X mengangkat Bonaventura menjadi Kardinal. Dua orang utusan Paus mendapatkan Bonaventura sedang berada di sebuah bak cuci yang besar dalam biaranya. Ia sedang mendapat giliran tugas menggosok setumpuk panci dan wajan. Para utusan Paus menunggunya dengan sabar hingga Bonaventura selesai menggosok pancinya yang terakhir, membasuh serta mengeringkan tangannya. Kemudian para utusan itu dengan khidmat menyerahkan topi merah besar yang melambangkan jabatannya yang baru.

Kardinal Bonaventura memberikan bantuan yang amat besar kepada Paus yang pada tahun 1274 mengadakan Konsili Lyon. Sahabatnya Thomas Aquinas wafat dalam perjalanannya menuju Konsili tersebut, tetapi Bonaventura berhasil tiba di sana. Ia memberikan pengaruh yang besar pada konsili tersebut.  Karya besarnya yang lain semasa hidupnya adalah perannya dalam reformasi Dewan Gereja, melakukan rekonsiliasi pendeta sekuler dengan ordo miskin, dan terlibat dalam rekonsiliasi Gereja Katolik Yunani dengan Gereja Khatolik Roma.

Santo Bonaventura wafat secara mendadak pada tanggal 15 Juli 1274 dalam usia lima puluh tiga tahun. Ia dimakamkan pada hari yang sama dalam salah satu Gereja Fransiskan di Lyon, Perancis. Upacara pemakamannya dihadiri oleh Paus, uskup, dan wali Gereja. Peristiwa tersebut disebut oleh para penulis kronik sebagai berikut: "Orang Kristen Yunani dan Latin, biarawan dan awam mengantar jenazahnya dengan tangis kesedihan, sangat berduka cita karena kehilangan seorang tokoh besar"