Menurut tradisi, Santo Rupertus adalah keturunan keluarga bangsawan Merovingian dari kerajaan Frank. Dia Juga adalah paman dari Santa Ermentrude. Awalnya Rupertus adalah seorang biarawan Benediktin yang diangkat menjadi uskup di kota Worms. Namun belum lama berkarya di Worms, ia diusir keluar dari kota tersebut oleh orang-orang kafir pada tahun 697. Karena itu ia kemudian dikirim sebagai misionaris ke Regensburg di Bavaria. Di sana, ia berhasil membaptis Duke of Bavaria Theodo dan para bangsawan Bavaria. Setelah itu, Rupertus dikabarkan berkarya di kota Altötting dan Danube dimana ia berhasil membabtis banyak orang menjadi pengikut Kristus dan membangun sarana pendidikan bagi mereka.

Pada tahun 696, Duke of Bavaria Theodo menghadiahkan sebidang tanah bagi Rupertus di kota Juvavum (kini bernama Salzburg dan menjadi wilayah Austria), yang dipergunakannya untuk membangun sebuah biara Benediktin sebagai pusat kegiatan missionarisnya. Ia juga yang kemudian diangkat menjadi kepala biara tersebut. Untuk mendanai kehidupan dan karya mereka, Rupertus dan para biarawannya membangun tambak-tambak garam dan mendidik umat dalam memproduksi garam untuk dijual. Garam produksi mereka menjadi sangat terkenal sehingga kota itu kemudian diganti namanya menjadi “Salzburg” yang berarti “Bukit Garam”.

Santo Rupertus tutup usia pada hari Minggu Paskah disekitar tahun 710. Relikwinya di semayamkan dalam sebuah Reliquary bersama dengan relikwi santo Virgilius di Katedral yang didedikasikan untuk mereka berdua; Katedral Santo Rupertus dan Virgilius di Salzburg Austria.

Di Katedral ini pula Komposer terkenal Wolfgang Amadeus Mozart dibabtis dengan nama babtis : Johannes Chrysostomus Wolfgangus Theophilus Mozart.