Yohanes Nepomuk lahir di Nepomuk atau Pomuk, Bohemia, Cekoslavakia Barat pada tahun 1340. Nama kecilnya ialah Wolflein atau Welflin. Ia belajar Teologi dan hukum di Universitas Praha. Pada tahun 1373 ia ditabhiskan menjadi imam. Cita-citanya menjadi imam ini sudah berkobar dalam hatinya semenjak ia masih anak-anak. Hal ini pun sangat didukung oleh kedua orangtuanya karena mereka telah mempersembahkan Yohanes kepada Tuhan ketika Tuhan mengabulkan doa-doa mereka bagi kesembuhan Yohanes dari penyakit yang menimpanya.

Pada tahun 1374, Yohanes Genzenstein, Uskup Agung Praha, yang mengenal baik kemampuan Yohanes Nepomuk, mengangkat dia menjadi sekretaris keuskupan. Enam tahun kemudian, Yohanes diangkat sebagai Pastor Paroki Santo Gallus di Praha sambil meneruskan studi hukumnya di Universitas Praha sampai meraih gelar Doktor Hukum pada tahun 1389. Tiga tahun setelah menamatkan studinya, ia diangkat sebagai ketua Pengadilan Gereja. Kemudian pada tahun 1393 ia diangkat menjadi Vaktris Jendral oleh Uskup Agung Yohanes Genzenstein.

Dalam tugasnya sebagai seorang imam, Yohanes menjadi seorang pengkhotbah yang ulung. Ia berhasil mentobatkan banyak orang dengan khotbah-khotbahnya. Relasinya dengan tokoh-tokoh masyarakat di jajaran pemerintahan sangat baik berkat keakrabannya dengan Raja Wenseslaus dan permaisurinya. Pembunuhan atas dirinya berawal dari rencana raja Wenseslaus IV untuk mendirikan sebuah keuskupan baru yang berpusat di Kladrau dan mengangkat seorang pendukungnya sebagai pemimpin keuskupan tersebut. Sedangkan keuangan keuskupan baru ini, menurut rencana Wenseslaus, akan diambil dari kas biara Kladrau. Untuk itu Wenceslaus harus memastikan bahwa orang kepercayaannyalah yang akan menjadi pemimpin biara tersebut menggantikan kepala biara saat itu yang sedang sakit parah dan sekarat.

Rencana raja Wenseslaus ini ditentang oleh uskup Agung Yohanes Genzenstein dan Yohanes Nepomuk. Ketika pemimpin biara Kladrau meninggal dunia, kedua petinggi keuskupan itu memerintahkan para biarawan untuk segera memilih pemimpin mereka yang baru. Semuanya ini tidak diberitahukan kepada raja Wenseslaus hingga pemimpin biara yang baru terpilih dan ditahbiskan. Wenseslaus marah besar, dan memerintahkan penangkapan atas Nepomuk dan beberapa pejabat Gereja lainnya.

Setelah beberapa lama mendekam di dalam penjara dengan berbagai siksaan berat, para pejabat Gereja itu dilepaskan, dengan syarat bahwa mereka harus tutup mulut tentang semua perlakuan kasar atas diri mereka. Sedangkan Yohanes Nepomuk dibunuh dan mayatnya ditenggelamkan di sungai Moldau dalam keadaan terikat erat. Pada keesokan harinya, jenazahnya ditemukan kembali, lalu disemayankan di katedral Santo Vitus hingga sekarang. Berbagai cerita tentang pembunuhan Yohanes berkembang di kalangan umat. Salah satu cerita itu ialah ia tidak bersedia menyingkap rahasia pengakuan permasiuri raja Wenseslaus sesuai permintaan raja.

Yohanes Nepomuk dinyatakan sebagai Beato pada tahun 1721 dan kemudian pada tahun 1729 dinyatakan sebagai Santo. Kecuali itu, ia diangkat sebagai pelindung kota Bohemia, pelindung para pendosa dan pelindung orang-orang yang terancam hanyut dalam sungai.