Santo Thomas Kozaki adalah seorang anak desa yang tingkah lakunya kasar, tetapi berhati mulia. Ia juga seorang yang jujur, tegas, serta memiliki semangat pengabdian yang tinggi dalam melayani Tuhan.

Sejak kecil ia telah membantu ayahnya, Santo Mikhael Kozaki, yang adalah seorang tukang kayu. Bersama ayahnya ia membangun biara Fransiskan lalu menjadi anggota biara tersebut sampai saat ia ditangkap dan dihukum mati pada tanggal 5 Februari 1597.

Pada saat pelaksanaan hukuman mati, Thomas bersama ayahnya dan dua puluh empat orang martir lainnya dibawa ke tempat penyaliban di luar kota Nagasaki. Dengan diikat, mereka disuruh berjalan dengan berbaris sehingga mereka menjadi tontonan dan menjadi pelajaran bagi masyarakat yang menyaksikannya. Sepanjang perjalanan, saksi-saksi Kristus ini terus melagukan Te Deum. 

Mereka diikat pada salib masing-masing dengan rantai dan tali, lalu belenggu besi dipasang disekeliling leher mereka. Masing-masing salib kemudian dikerek dan kaki salib ditancapkan ke sebuah lubang yang telah digali. Tombak ditikamkan kepada masing-masing korban. Mereka wafat pada saat yang hampir bersamaan

Thomas Kozaki menjadi Martir dalam usia 14 tahun. Surat perpisahan kepada ibunya menjelang saat penyalibannya sangat mengharukan. Surat itu kini menjadi relikwi yang amat berharga bagi umat Katolik Jepang.