Santo Fransiskus dari Nagasaki aslinya berasal dari Miyako, Iwate Jepang. Ia adalah seorang dokter dan pengkhotbah yang penuh semangat. Setelah ia dan isterinya dibaptis, mereka tinggal di dekat biara OFM. Mereka merawat orang-orang sakit tanpa memungut bayaran dan membawa mereka kepada Kristus. 

Pada tahun 1597, seorang penguasa Jepang yang amat berpengaruh, Hideyoshi, mendengar hasutan seorang pedagang Spanyol. Pedagang itu membisikkan bahwa para misionaris adalah pengkhianat bangsa Jepang. Ia menambahkan bahwa para pengkhianat itu akan mengakibatkan Jepang dikuasai oleh Spanyol dan Portugis. Hasutan itu tidak benar dan tidak masuk akal. Tetapi, Hideyoshi menanggapinya dengan berlebihan, sehingga ia menangkap Fransiskus dan dua puluh lima orang yang dianggapnya  sebagai para pengkhianat. Mereka yang ditangkap terdiri dari enam orang biarawan Fransiskan dari Spanyol, Meksiko dan India; tiga orang katekis Yesuit Jepang, dan tujuh belas Katolik awam Jepang, termasuk anak-anak. Sumber : Katakombe.Org

Pada tanggal 5 Februari 1597 Fransiskus bersama dua puluh lima orang martir dibawa ke tempat pelaksanaan hukuman mati di luar kota Nagasaki. Dengan diikat, mereka disuruh berjalan dengan berbaris sehingga mereka menjadi tontonan dan menjadi pelajaran bagi masyarakat yang menyaksikannya. Sepanjang perjalanan, saksi-saksi Kristus ini terus melagukan Te Deum. 

Mereka diikat pada salib masing-masing dengan rantai dan tali, lalu belenggu besi dipasang disekeliling leher mereka. Masing-masing salib kemudian dikerek dan kaki salib ditancapkan ke sebuah lubang yang telah digali. Tombak lalu ditikamkan pada masing-masing orang dan  para saksi Kristus ini tewas disaat yang hampir bersamaan.

 Sumber : Katakombe.Org